Nel 1989 la Scuola del Genio fu incaricata dall'Ispettorato dell'Arma del Genio di organizzare i primi corsi interamente finalizzati allo sminamento e alla bonifica di ordigni inesplosi appartenenti ai paesi dell'ex Patto di Varsavia, per predisporre l'intervento di specialisti del Genio in Afghanistan e in Kuwait.
Nel 1992 fu decisa l'istituzione formale dei Corsi BOE (Bonifica Ordigni Esplosivi) indirizzati alla formazione di Ufficiali e Sottufficiali dell'Arma del Genio da impiegare con gli stessi compiti, nelle missioni internazionali di sostegno alla pace.
Nell'ottobre del 1996, con il patrocinio dell'Ispettorato dell'Arma del Genio e l'approvazione dello Stato Maggiore dell'Esercito, fu istituito il primo nucleo sperimentale del Centro Operativo di Bonifica con personale ad incarico abbinato.
Il 1° Ottobre 1997 si realizzò il potenziamento della struttura sperimentale e si organizzò il nuovo Centro, rinnovato oltre che per gli equipaggiamenti, nel modo di concepire il problema negli aspetti operativo, addestrativo e logistico.
Il 1° Ottobre 1998, a seguito dell'emanazione della “Direttiva sul riordino del settore della bonifica da ordigni esplosivi" da parte dello Stato Maggiore dell'Esercito, fu costituito il Centro Operativo di Bonifica di F.A., quale polo unico di riferimento per l'intero settore, riuscendo così a conseguire l'ambito risultato di uniformare l'addestramento, le procedure e il linguaggio nella gestione di uno dei più delicati compiti affidati all'Esercito.
Il COB, ereditando le professionalità acquisite nel settore dalle scuole storiche – Scuola del Genio, Scuola Artificieri di Roma, Centro Specialisti Armamento dell'Esercito di Piacenza, Sezione Artificieri ed Antisabotaggio della Scuola Trasporti e Materiali di Roma – si avviò a porsi come strumento efficiente e moderno, proiettato ad operare a tutto campo nell'articolato settore.
Lo Stato Maggiore Esercito, a seguito dell'emanazione del documento “Pacchetti di Capacità – Componente Genio Progetto esecutivo per gli anni 2003/2004" dispose un nuovo innesto nella struttura del Centro con un Dipartimento Ostacolo Attivo, finalizzato alla preparazione del personale della specialità Guastatori per renderlo idoneo ad affrontare i compiti operativi attuali in termini di utilizzazione degli esplosivi, di attività di mine clearance e contro trappole. Il 2 Marzo 2007, fu così costituito il Centro Addestramento Contro Ostacolo.
Il 10 settembre 2010 a seguito della costituzione del Comando Genio, Grande Unità alle dipendenza del Comando dei Supporti delle Forze Operative Terrestri e risultato della fusione della Scuola del Genio di Roma con la Brigata Genio di Udine, il Centro Addestramento Contro Ostacolo ha acquisito di fatto uno status di autonomia simile a quello degli altri Reggimenti dipendenti.
Neanche questo ultimo provvedimento di ristrutturazione ha segnato la raggiunta stabilità, infatti in conseguenza delle importanti Operazioni internazionali cui hanno partecipato le Forze Armate italiane (Irak, Afghanistan, Libano), nell'ambito del Gruppo di Progetto permanente C-IED istituito dallo Stato Maggiore della Difesa per fronteggiare tutte le problematiche emergenti dai teatri operativi, è stata decisa la costituzione di un Centro di Eccellenza Nazionale C-IED a valenza interforze, ancora incardinato nell'Arma del Genio, sulla preesistente struttura del CeAC. Tale nuovo organismo, il cui progetto, approntato da SME fu approvato dal Capo di Stato Maggiore della Difesa in data 21 settembre 2009.
In data 1 febbraio 2011 è stato ufficialmente costituito il Centro d'Eccellenza C-IED quale Ente a valenza Interforze con l'adozione delle Tabelle Organiche sperimentali diramate dallo Stato Maggiore dell'Esercito e con la sottoscrizione di Accordi Tecnici con gli Stati Maggiori di Marina Militare, Aeronautica Militare e il Comando Generale dell'Arma dei Carabinieri.
Dal 1 luglio 2019 è un ente dipendente della Brigata Genio in Roma.