Le cronache degli ultimi anni riportano che il 5° Reparto Infrastrutture trae origini dalla Direzione Genio Militare del 5° Comando Militare Territoriale, che aveva sede nella città di Udine e che, nel Gennaio 1951, viene trasferita a Padova assumendo la denominazione di 5ª Direzione Genio Militare.
In seguito alla riorganizzazione della componente infrastrutturale dell'Esercito Italiano, dal 1° gennaio 2002 ha assunto l'attuale denominazione di 5° Reparto Infrastrutture.
Il primo gennaio 2023 il Reparto è transitato alle dipendenze del Comando Infrastrutture assumendo il ruolo di Reparto di Tipo “A", dai quali dipendono il 6° Reparto Infrastrutture di Bologna, il 7° Reparto Infrastrutture di Firenze e il 12° Reparto Infrastrutture di Udine I quali hanno competenza sulle regioni dell'Emilia Romagna, della Toscana e del Friuli Venezia Giulia.
Il 5° Reparto Infrastrutture è ubicato in una porzione della Ex caserma Prandina a ridosso delle antiche mura che delimitavano il centro storico della città di Padova. Non è stato possibile risalire da quale data è acquartierato in questa sede e quali reparti lo hanno preceduto nella gestione delle infrastrutture.
Le ricerche effettuate sui reparti in armi dell'Italia pre-unitaria sono frammentarie e, sebbene non vi siano notizie certe e documentate della presenza di Reparti che avessero cura delle Infrastrutture a Padova, è lecito pensare che in città, da sempre centro stategico del nord-est della penisola italica, vi siano state delle unità in armi.
Uno spunto è da ricercare nel periodo Napoleonico dei primi del 1800. Napoleone Bonaparte requisisce spazi organizzati (soprattutto monasteri o possedimenti della Chiesa) per destinarli ai reparti in armi. È infatti l'anno 1810 quando l'area che un tempo era occupata dal monastero femminile di San Benedetto, passa sotto il controllo del Demanio Militare diventando la Caserma “Prandina" sede di un reparto di artiglieria.
La cronaca storica, allorquando cita il Demanio Militare non riporta altre notizie come il nome del Reparto, dove era stanziato ovvero altre informazioni utili a far risalire ai reparti che continuarono ad operare a Padova.
È certo che già dal 1810, vi era un nucleo di militari che si occupò di infrastrutture a Padova.
È certo che Padova ancor oggi ospita ancora, in un'articolazione del 5° Reparto Infrastrutture, un Ufficio Demanio e Servitù militari.
La Caserma che rimase operativa fino alla fine degli anni '80 ospitando diverse unità. In seguito verrà, in parte, ceduta al Comune il quale l'ha destinata a parcheggio automezzi. La parte rimanente è la sede del 5° Reparto Infrastrutture.