Il Comando Infrastrutture è stato costituito il 1 luglio 2020 a seguito della riorganizzazione dell'Area Infrastrutturale di Forza Armata che, secondo uno sviluppo pluriennale e per fasi ha visto il transito alle proprie dipendenze di tutti gli organi tecnici esecutrici del genio che erano distribuiti presso i tre Comandi Multifunzione.
A far data dal 7 settembre 2020 il reparto Operativo del Genio Infrastrutturale è transitato dal Dipartimento delle Infrastrutture alle dipendenze del Comando.
Per quanto concerne il settore dei lavori, svolge la funzione di Committente per gli Enti dipendenti ed è Ente Ordinatoriale primario di spesa per il settore del funzionamento e della quota parte di investimento decentrato della Direzione dei Lavori e del Demanio.