Il 3° Reparto Infrastrutture con sede a Milano - Caserma “CARROCCIO" Via Mario Pagano, 22 è inquadrato nell'organizzazione infrastrutturale dell'Esercito e dipende in linea di comando e tecnica d'impiego dal Comando Genio che a sua volta dipende gerarchicamente da Stato Maggiore Esercito Dipartimento delle Infrastrutture. Per il settore amministrativo dipende dalla Direzione di Amministrazione di Firenze ed per il settore Tecnico-Amministrativa e funzionale dal Segretariato Generale della Difesa e degli Armamenti – Direzione dei Lavori e del Demanio.
L'attuale struttura ordinativa è la seguente:
- Comandante
- Ufficio Personale e Sostegno Logistico
- Ufficio Lavori
- Ufficio Demanio
- Servizio Amministrativo
La costituzione dei “Reparti degli Ingegneri" destinati a dirigere i nuovi lavori delle Piazze come da lettera del 20 febbraio 1733 diretta al conte Maffei allora “Gran Maestro" fu stabilita da Carlo Emanuele III ancor prima che separasse di fatto il Genio dall'Artiglieria (fine 1733). Funzionavano Uffici corrispondenti alle odierne Direzioni ed erano retti da Ufficiali del Corpo. Erano pure comandati da alcuni Sottotenenti fissi (6 sull'organico) i quali erano in forza al Battaglione Zappatori.
Tra il personale civile già allora presente vi erano i “trabuccanti o misuratori" che “aiutavano gli Ingegneri nei lavori più faticosi come sono le misure" (il trabucco era la misura lineare in uso nel Piemonte al principio del l800. Nel 1824 il comandante del corpo fece istanza perché vi fosse sostituita la misura metrica già adottata in altri Enti e corpi e l'istanza fu accolta). L'anno 1823 vide la nascita del “Consiglio del Genio Militare". Questo fu l'inizio della separazione degli Ufficiali tecnici, che si occupavano esclusivamente del "Servizio delle Costruzioni", da quelli che invece erano impiegati nelle attività operative dei Reparti. Nel 1837 fu costituita una nuova classe di impiegati: quella degli "Assistenti delle fortificazioni e fabbriche Militari", precedentemente assoldati volta per volta che occorrevano. Il servizio delle Direzioni si andava sempre più nettamente dividendo in tecnico (Ufficiali Ingegneri) ed amministrativo che provvedeva al regolare andamento di tutti gli affari di contabilità (capo del Servizio Amministrativo era il "Commissario di Direzione" da cui dipendevano i sottocommissari ed i regi Misuratori).
Per effetto della Guerra del 1859 e della annessione della Lombardia, le Direzioni del Genio furono portate a 14, divise in 3) classi:
- 1° classe: Torino, Milano, Genova e Alessandria;
- 2° classe: Chambery, Cagliari, Spezia, Brescia e Cremona;
- 3° classe: Cuneo, Novara, Pavia e Sassari.
Con l'aumentare del territorio nazionale per l'annessione di nuove Province si accresceva il lavoro per cui si destinarono temporaneamente Ingegneri del Genio Civile. Nel 1860 si modifica l'ordinamento territoriale istituendo delle sottodirezioni, cosicché il Direttore (Colonnello o Tenente Colonnello) funzionò come "Comandante Territoriale del Genio". Dalla Direzione di Milano, Col. S. Martino Valpenga, dipendevano le sottodirezioni di Milano e Como.
Le Direzioni erano raggruppate in 5 "Distretti o Circondari d'ispezione" al capo dei quali era addetto un Ufficiale Generale. Il circondario della Lombardia comprendeva le Direzioni di Milano e Brescia. Nel 1862 fu anche riordinato il personale di contabilità e di assistenza ai lavori. Nel 1864 fu fatto un cambiamento radicale nell'ordinamento territoriale del regno, per quanto riguarda il servizio delle Direzioni. Furono istituiti i "Comandi del Genio" e si soppresse le "sottodirezioni". Inoltre il Ministero della Guerra prescrisse che il servizio territoriale del Genio, come i servizi di Cavalleria e Artiglieria, dipendesse dai dipartimenti Militari e dispose l'istituzione dei Comandi Territoriali del Genio, retti da un Generale o Colonnello anziano. La piena attuazione avvenne nel 1865.
Si costituirono:
- n° 6 dipartimenti Militari: Milano, Torino, Bologna, Firenze, Napoli e Palermo;
- n° 20 Direzioni del Genio. Per il dipartimento di Milano le Direzioni erano a Milano, Pavia e Piacenza.
L'organizzazione del personale contabile e di assistenza fu modificata. Furono soppressi i Commissari e sostituiti da contabili, assistenti e scrivani. Solo i contabili avevano la divisa. In questo periodo furono istituiti gli "Uffici provvisori del Genio" e quindi le Direzioni straordinarie per servizio della Regia Marina, che dipendevano dal Ministero della Marina per le parti riferite a studi, esecuzione e lavori. Con l'ordinamento Generale dell'Esercito del 30 Settembre 1871 le modificazioni non furono ingenti. Dal Comando Genio di Milano dipendevano le Direzioni di Milano e Alessandria. Il personale di contabilità prese la denominazione di "Ragionieri Geometri del Genio".
Nel 1892 fu modificata la circoscrizione territoriale per il servizio del Genio, su 6 Comandi Genio (Torino, Piacenza, Venezia, Spezia, Roma, Napoli). Dal Comando Genio di Torino dipendevano le Direzioni di Torino, Alessandria, Cuneo e Milano.
Nel 1896 l'ordinamento fu modificato su 6 Comandi Genio (Torino, Venezia, Genova, La Spezia, Roma e Napoli). La direzione di Milano insieme con quelle di Verona e Venezia dipendevano da Venezia. Nel 1902 il Comando Genio di Venezia fu trasferito a Verona. La dipendenza da Verona della Direzione Lavori di Milano fu conservata nonostante le successive modifiche amministrative. Fu istituita la sottodirezione di Brescia che dipendeva da Milano. Dopo la I guerra mondiale, nel 1926 fu istituito l'Ispettorato dell'Arma del Genio e furono soppresse anche le Direzioni che si trasformarono in "Uffici Fortificazioni" prendendo poi la denominazione di “Direzione Lavori Genio Militare Milano" che tiene fino al 1972 quando cambia in “Direzione Lavori Demanio e Materiali Genio Milano". Dal 01/04/1977 si trasforma in “3^ Direzione Genio Militare Milano" inquadrata nella “Regione Militare Nord Ovest" e sotto il comando del “1° Comando Militare Territoriale Comando Genio". Successivamente, dal 01/01/2002, assume l'attuale denominazione di “3° Reparto Infrastrutture"