L' 11° Reparto Infrastrutture non dispone di una completa ed esauriente documentazione atta a chiarire le sue origini, a causa della distruzione del carteggio avvenuta a seguito dei bombardamenti aerei durante l'ultimo conflitto.
L'11° Reparto Infrastrutture ha assunto nel tempo le denominazioni riportate di seguito:
- 1873 – Direzione del Genio di Palermo del Comando Territoriale del Genio di Roma, con giurisdizione nelle province di Messina, Catania, Siracusa e Reggio Calabria.
- 1877 – Direzione del Genio di Palermo del Comando Territoriale del Genio di Napoli, con giurisdizione nelle province di Palermo, Trapani, Caltanissetta. Successivamente di Direzione del Genio di Messina, del Comando Territoriale del Genio di Napoli, con giurisdizione nelle province di Messina, Catania e Siracusa.
- 1926 Il territorio della Sicilia viene assegnato alla competenza di un solo Ente, con sede a Palermo, che prende il nome di Ufficio Fortificazioni del Comando Genio della Sicilia.
- 1936 Ufficio Lavori del XII C. d'Armata.
- 1944 Direzione Lavori Genio Militare della Sicilia.
- 1945 Direzione Lavori Genio Militare del Comando Militare Territoriale.
- 1945 Direzione Lavori Genio Militare del Comando Militare Territoriale.
- 1973 Direzione Lavori, Demanio e Materiali del Genio dell'XI C.M.T della Regione Militare della Sicilia.
- 1977 11ª Direzione Genio Militare dell'XI C.M.T. della Regione Militare della Sicilia.
- 1983 11ª Direzione Genio Militare del Comando Regione Militare della Sicilia, con giurisdizione su tutto il territorio della Sicilia ed isole minori.
- 1998 Dal 1° Aprile alle dirette dipendenze del Comando Genio della R.M.Me.
- 2001 Dal 1° Maggio alle dirette dipendenze del Comando Genio Sud.