Il Comando delle Forze Speciali dell'Esercito è stato istituito nel settembre 2013 a Pisa, all'interno della più ampia Riforma dello strumento militare del 2012 voluta dall'allora Ministro della Difesa Ammiraglio Giampaolo Di Paola.
Sino alla costituzione di questo nuovo comando l'Esercito Italiano non ha mai avuto un comando dedicato alla preparazione delle Forze Speciali.
Durante il corso del tempo essi si sono trovati alle dipendenze di vari
comandi e grandi unità come la Brigata Paracadutisti "Folgore", il
Comando Truppe Alpine e il Comando Artiglieria.
Il Comando è divenuto pienamente operativo nel febbraio 2014 e la
transizione dei reparti è stata completata entro la fine dello stesso anno.