Il 21° Reggimento Genio si forma in Trani (Bari) il 1° ottobre 1937 destinato in Libia. L’unità raggiunge Bengasi ove prende sede il giorno 17 dello stesso mese di ottobre. Il reggimento è sciolto per eventi bellici nel novembre 1942.

Il 1° gennaio 1953 si forma, ancora in Trani, il XXI Battaglione Genio Pionieri. L’unità il 19 gennaio 1963 viene trasferita a Vicenza. Con la ristrutturazione dell’Esercito, il 1° ottobre 1975 diviene 21° Battaglione Genio Pionieri "Timavo" e nella circostanza è reso erede delle tradizioni del 21° reggimento genio del quale riceve anche la Bandiera. Il btg. viene sciolto il 31 dicembre 1979 lasciando in vita una sola compagnia per le esigenze della 3^ Brigata msl. "Aquilea".

Il 1° gennaio 1980 assume la denominazione di 21° Battaglione Genio "Timavo" il btg. g.p. costituito in Caserta il 1° febbraio 1979, nel quadro di una più razionale distribuzione dei reparti dell’Arma sul territorio nazionale. Con il riordinamento della Forza Armata il btg. viene sciolto il 20 settembre 1993 ed il giorno successivo si ricostituisce in Caserta il 21° Reggimento Genio Pionieri.

Modificata la struttura organica, dal 1° ottobre 2000 assume la denominazione di 21° Reggimento Genio Guastatori e dal successivo 1° dicembre passa alle dipendenze della Brigata bersaglieri "Garibaldi".

Ha partecipato alle seguenti operazioni: "ALBA" in Albania nel 2000; "JOINT GUARDIAN" in Kosovo nel 1999, 2000, 2001 e 2005; "DOMINO" sul territorio nazionale nel 2002; "ISAF" in Afghanistan nel 2003 e 2012; "ENDURING FREEDOM" in Afghanistan nel 2003; "ANTICA BABILONIA" in Iraq nel 2003, 2005 e 2006; "LEONTE" in Libano nel 2008 e 2010; con brevi intervalli "Strade Pulite" dal 2008 al 2012 e "Strade Sicure" dal 2009 al 2013 in territorio nazionale.