La Scuola del Genio era l'erede delle tradizioni della “Scuola Allievi Ufficiali di Complemento" di PAVIA e della “Scuola Centrale e Scuola Artieri del Genio" di Civitavecchia. Gli eventi bellici del settembre 1943 costrinsero le due Scuole a sospendere la loro attività, ripresa nel 1944 con la Scuola Italiana Collegamenti Radio Telegrafisti di Nocera Inferiore (SA), la Scuola Telegrafisti di Francavilla Fontana (BR) e il CCXXXII Battaglione Artieri di Bracciano (RM). Nel 1948 la Scuola riprese la via della ricostruzione, completata il 1° marzo 1950 nella sede di Roma Cecchignola. La fisionomia organica della Scuola, denominata Scuola del Genio nel settembre 1975, subì nel corso degli anni molteplici riordinamenti che hanno visto il suo Comandante assumere anche la carica di Vice Ispettore e successivamente di Ispettore per l'Arma del Genio.
Inizialmente dipendente dall'Ispettorato del Genio, la Scuola è transitata alle dipendenze dell'Ispettorato delle Armi costituitosi il 1° ottobre 1997 in Roma quindi, dal 1° marzo del 2001, alle dipendenze dell'Ispettorato per la Formazione e la Specializzazione (costituitosi per fusione tra il citato Ispettorato delle Armi e l'Ispettorato delle Scuole di Civitavecchia) poi trasformatosi, il 15 dicembre 2005, in Comando delle Scuole dell'Esercito.
Un successivo provvedimento ordinativo ha portato la Scuola, il 3 agosto del 2009, nell'area del Comando dei Supporti delle Forze Operative Terrestri dove è rimasta fino alla sua soppressione, avvenuta il 9 settembre 2010.
In data 10 settembre 2010, nel quadro dei provvedimenti di riordino degli Enti del Comando dei Supporti delle Forze Operative Terrestri, l'Istituto si è fuso con la Brigata Genio di Udine, che inquadrava reparti ad altissima specializzazione e valenza operativa, in grado di soddisfare esigenze diverse legate alla mobilità tattica e strategica come il Reggimento Genio Ferrovieri, il 2° Reggimento Genio Pontieri, il 6° Reggimento Genio Pionieri ed il CIMIC Group South, costituendo il Comando Genio, nella sede di Roma Cecchignola.
Il Comando ha assolto sia funzioni di specializzazione del personale che di sperimentazione di mezzi e materiali attraverso il Reggimento Addestrativo, il Centro di Eccellenza Counter IED ed il Centro di Supporto del Genio alla Protezione delle Forze, sia funzioni operative attraverso i tre Reggimenti genio alle dipendenze.
Inoltre ha assolto nei confronti del Multinational CIMIC Group di Motta di Livenza (TV) la funzione di Comando nazionale.
In data 01 luglio 2020 a seguito di un provvedimento ordinativo dello Stato Maggiore dell'Esercito, il Comando Genio è riconfigurato in Comando di livello Divisionale con alle dipendenze due Unità di livello Brigata, la ricostituita Brigata Genio e il Comando delle Infrastrutture.
Il Comando custodisce la Bandiera di Guerra dell'Arma del Genio decorata di:
- Croce di Cavaliere dell'Ordine Militare d'Italia – guerra Italo Etiopica 1935 – 1936;
- Medaglia d'Oro al Valor Militare – Campagna di Guerra 1915 – 1918;
- Medaglia d'Oro al Valore dell'Esercito – Friuli 1976 – 1977;
- Medaglia d'Oro al Valor dell'Esercito – Mozambico 1993-94 e Bosnia 1995-96;
- Medaglia d'Oro al Valore dell'Esercito – Afghanistan 2001 -2021;
- Medaglia d'Oro al Valor Civile – Val Padana 1994;
- Medaglia d'Oro al Merito Civile – Territorio nazionale Aprile 1945- dicembre 2003;
- Medaglia d'Oro di Benemerenza – Terremoto 1908;
- Medaglia d'Argento al Valor Mi-litare – Campagna di Libia 1911 – 1912;