Il Comando Forze Operative Nord è situato in parte presso il Complesso Monumentale della Abbazia di santa Giustina, che comprende la Basilica e il Monastero, grandioso esempio di architettura medievale e il più antico luogo di culto della città di Padova. 

Nell’era della Roma imperiale, l’area era occupata da una necropoli, qui il 7 ottobre del 304 a.C. fu deposto il corpo della giovane Giustina, messa a morte perché cristiana, per sentenza dell’Imperatore Massimiano, al tempo di passaggio in città. Anni dopo, nel 520 a.C. sorse in onore della Santa la prima Basilica con l’attiguo Oratorio, decorata di marmi preziosi e mosaici. Nel 1117 il terremoto che sconvolse tutta l’Italia settentrionale distrusse quasi interamente l’edificio, escluso il “Secello di S. Prosdocimo”, primo Vescovo di Padova.

Nel 1498 iniziarono i lavori di ricostruzione, su disegno di Girolamo da Brescia, inaugurati dall’architetto Andrea Moroni e portati a termine da Andrea della Valle. Nel 1586, la parte del fabbricato che si affaccia su Prato della Valle, attuale sede del COMFOPNORD, si aggiunge alla già suggestiva opera.

Nel 1810, in seguito ai decreti napoleonici, i monaci furono allontanati, e i beni immobili venduti a privati. Il Monastero, per un periodo destinato a scuola pubblica, fu spogliato di ogni oggetto di valore, e molte delle cento pregevolissime pitture presenti presero la via di Parigi.

Consegnato dal Governo francese a quello austriaco venne adibito ad ospizio dei soldati invalidi e, tornato agli italiani, ad ospedale militare e, poi, in caserma. Durante la Prima Guerra Mondiale talvolta fu usato come magazzino e dormitorio delle truppe.

Il 22 giugno 1917 Papa Benedetto XV conferisce alla Basilica la sua originaria funzione, una parte dell’ex convento viene restituito ai benedettini, la rimanente parte resta al demanio militare. Il 1° luglio 1948, diviene dapprima sede del V Comando Militare Territoriale e, dal 1° ottobre 2016, sede del neo costituito Comando Forze Operative Nord.