​​Il Comando Aviazione dell'Esercito viene costituito nella Caserma "Generale Roberto Bazzichelli" in piazza San Francesco a Viterbo il 1° ottobre 1997, posto alle dipendenze del Comando dei Supporti delle Forze Operative Terrestri.

Si sostituisce al precedente Ispettorato dell'Aviazione Leggera Esercito creato nel 1962 e rinominato nel 1993 Ispettorato dell'Aviazione Esercito con sede in Roma.

Il Ministro della Difesa, con decreto del 1 giugno 1999, trasforma l'Aviazione dell'Esercito in Cavalleria dell'Aria, riconoscendola come specialità dell'Arma di Cavalleria.

Dal 1° gennaio 2000, assume la denominazione di Comando Cavalleria dell'Aria.

Il 4 novembre 2002 passa alle dipendenze del Comando delle Forze Operative Terrestri.

Dal 1° dicembre 2003 assume l'attuale denominazione di Comando Aviazione dell'Esercito.

Attualmente sono alle sue dipendenze: la Brigata AVES, la Brigata Aeromobile “Friuli”, la Brigata Sostegno AVES, il Centro Addestrativo Aviazione Esercito, il 3° Reggimento Elicotteri Operazioni Speciali “Aldebaran” e il Reparto Comando e Supporti Tattici del Comando AVES.

Il 10 maggio 2019, in occasione del 135° anniversario dell'AVES, alla presenza del Capo di Stato Maggiore dell'Esercito, sono state riconsegnate le gloriose Bandiere di Guerra ai Reparti dell'AVES in sostituzione degli Stendardi.