Il Museo è distribuito su tre sedi. Vediamole una ad una.
PORTA CIVIDALE
La facciata austera in bugnato rustico di pietra bianca e grigia di Porta Cividale è caratterizzata dalla presenza di due torrette "garitte" utilizzate come posto di guardia. Con Porta Aquileia (un tempo denominata Marittima) e Porta Udine costituiscono gli unici accessi alla città e vengono attribuite all'architetto Vincenzo Scamozzi.
Le porte, ubicate al centro di tre cortine, erano dotate di piani separati e indipendenti per il controllo e la difesa dell'ingresso alla fortezza. La struttura comune prevede, al piano terra, una corte centrale quadrata dotata ai lati di apposite nicchie, un tempo utilizzate come camini, e una parte superiore denominata "Dongione" con funzioni autonome di vigilanza e con verosimili luoghi di deposito.
Area espositiva di circa 400mq. posta sulla parte superiore della Porta (Dongione) alla quale si accede attraverso rampe laterali; quella sinistra consente di raggiungere l'ingresso della parte espositiva. Il percorso museale comprende una serie di testimonianze che documentano la nascita della città-fortezza e la presenza di guarnigioni dal 1593 ad oggi.
Del periodo veneto (1593 - 1797) si segnala la riproduzione in legno di colubrine e di armi da fuoco. Documenti e disegni descrivono l'iconografia delle milizie venete costituite in prevalenza da alabardieri, picchieri, moschettieri, cernide, bombardieri e cappelletti (milizie a cavallo). Le sezioni riguardanti i periodi napoleonico (1805 - 1814), austriaco (1814 - 1866) e italiano (dal 1860 ad oggi) sono caratterizzate dalla presenza di uniformi, armi e cimeli militari.
AREA DELLE FORTIFICAZIONI
Scoperto di circa 280.000 mq. che comprende gli elementi fondamentali delle tre cinte fortificate (Baluardo, Rivellino e Lunetta Napoleonica) e li rende visitabili all’esterno tramite itinerari debitamente segnalati in loco. Quindi sono visibili, uscendo dal Dongione Veneto di Porta Cividale prima del fossato si prende il sentiero di sinistra dove possibile vedere inizialmente la Controporta di Porta Cividale, successivamente si incontra il primo bastione denominato “Bastione del Monte”, successivamente a metà distanza tra i due bastioni sarà possibile al visitatore percorrere un ulteriore itinerario che lo porterà a visitare il rivellino, secondo elemento fortificato della città e seguendo le indicazioni arriverà dinanzi alla lunetta Napoleonica terza ed ultima struttura difensiva.
I diversi elementi fortificati della città: la cortina (lato dell'ennagono della fortezza), il cavaliere (postazione elevata sulla cortina per artigliere di lunga gittata), il baluardo (terrapieno a forma di punta di freccia, munito di piazzetta per l'artiglieria e di riservette per il deposito delle polveri), la falsabraga (terrapieno parallelo al muro di cortina per occultare gli spostamenti dei soldati dalle fortificazioni interne a quelle esterne), il fossato (cunetta che separa la prima cerchia di fortificazioni dalla seconda linea difensiva veneziana), il rivellino (terrapieno ubicato esternamente in asse alla cortina e protetto da fossato secco, struttura dotata di piazzetta per artiglieria e di riservette per le polveri e munita di gallerie sotterranee). Dalla piazza del rivellino si accede alla strada che conduce direttamente alla lunetta napoleonica, terza linea fortificata, realizzata dal Genio Francese, per volere di Napoleone, nel 1805 - 1806 e posta in asse al baluardo.
PALAZZO DEL GOVERNATORE ALLE ARMI
All'interno del "Palazzo del Governatore alle Armi" sito nella piazza principale della città, sono presenti gli uffici della direzione e una ulteriore area espositiva di circa 300 mq. costituita reperti di unità che hanno legato la loro storia con la città di Palmanova e con il Friuli.
L’apertura al pubblico avviene in occasione di collaborazione con le autorità locali e su proposta delle varie associazioni locali.